Σύμφωνα με πληροφορίες, το σύστημα θα λειτουργεί μέσω μίας ηλεκτρονικής εφαρμογής, στην οποία όλοι οι φορείς της γενικής κυβέρνησης (νοσοκομεία, Δήμοι, ασφαλιστικά ταμεία, Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου ή Ιδιωτικού Τομέα) θα πρέπει να καταχωρούν δύο ημέρες πριν την υποβολή των περιοδικών δηλώσεων ΦΠΑ, όλα τα τιμολόγια με τον αναλογούντα ΦΠΑ για κάθε τους προμηθευτή.
Με τον τρόπο αυτό, η εφορία θα είναι σε θέση να συμψηφίσει τις συγκεκριμένες οφειλές ΦΠΑ με τις οφειλές ΦΠΑ των ιδιωτών προς το Δημόσιο, μειώνοντας το ποσό πληρωμής των δεύτερων.
Πώς θα λειτουργεί
Στις βασικές του γραμμές το σχέδιο προβλέπει:
1. Ο ΦΠΑ που αναλογεί σε βέβαιη και προσδιορισμένη από αντίστοιχο φορολογικό στοιχείο, απαίτηση επί εμπορικών συναλλαγών κατά του Δημοσίου και των λοιπών φορέων της γενικής κυβέρνησης, συμψηφίζεται με τον ΦΠΑ που αναλογεί στο ίδιο φορολογικό στοιχείο με βάση την υποβαλλόμενη από τον υπόχρεο αρχική εμπρόθεσμη περιοδική δήλωση ΦΠΑ.
2. Ο συμψηφισμός γίνεται αυτόματα και υποχρεωτικά με την καταχώρηση του σχετικού παραστατικού στοιχείου από τον φορέα της γενικής κυβέρνησης, σε ηλεκτρονική εφαρμογή, το οποίο διασταυρώνεται με τα καταχωρημένα από τον εκδότη του φορολογικού στοιχείου δεδομένα στην ίδια ηλεκτρονική εφαρμογή.
3. Οι φορείς της γενικής κυβέρνησης, έχουν υποχρέωση να καταχωρούν τα συγκεκριμένα τιμολόγια των προμηθευτών τους προς πληρωμή, σε κάθε περίπτωση τουλάχιστον δύο ημέρες πριν την προθεσμία του υπόχρεου να υποβάλλει περιοδική δήλωση ΦΠΑ (κάθε μήνα για επιχειρήσεις με διπλογραφικά βιβλία και ανά τρίμηνο με απλογραφικά).
4. Μόλις ο υπόχρεος υποβάλλει την περιοδική του δήλωση, εμφανίζονται τα ήδη συμψηφισθέντα τιμολόγια. Ο ΦΠΑ που χρωστά στον ιδιώτη ο Δήμος για παράδειγμα έχει «ισοφαρίσει» με τον αντίστοιχο ΦΠΑ που χρωστά ο ιδιώτης στο Δημόσιο.
5. Οι φορείς της γενικής κυβέρνησης, μέσα σε αποκλειστική προθεσμία δύο ημερών μετά την λήξη της προθεσμίας υποβολής των περιοδικών δηλώσεων ΦΠΑ, αποδίδουν τον ΦΠΑ στο υπουργείο Οικονομικών. Δεν πληρώνουν απευθείας. Τα ποσά αφαιρούνται από τις πιστώσεις των προϋπολογισμών τους που είχαν ήδη εγκριθεί για να πραγματοποιηθεί η συγκεκριμένη δαπάνη. Αν δεν προχωρήσουν στην απόδοση των συγκεκριμένων ποσών με την παραπάνω διαδικασία, θα ενεργοποιούνται αυτόματες και ισόποσες περικοπές δαπανών είτε από τον προϋπολογισμό τους , είτε από τις επιχορηγήσεις που λαμβάνουν.
6. Όταν έρθει η ώρα ο φορέας της γενικής κυβέρνησης να πληρώσει το τιμολόγιο στον προμηθευτή του, σαφές είναι ότι θα καταβάλλει μόνο το καθαρό ποσό της αξίας του τιμολογίου και όχι και τον αναλογούντα ΦΠΑ. Ο ΦΠΑ θα είναι σαν να έχει ήδη πληρωθεί.
7. Αν η δαπάνη κριθεί μη νόμιμη ή μη κανονική ο φορέας θα τρέχει να βρει άκρη με τον ιδιώτη. Το σχέδιο προβλέπει ότι «σε περίπτωση που η δαπάνη κριθεί μη νόμιμη ή /και μη κανονική, ο φορέας δεν διατηρεί απαίτηση έναντι του Δημοσίου για επιστροφή ΦΠΑ και αναζητά το ποσό του ΦΠΑ που κατέβαλε από τον ιδιώτη.